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很多冷凍干燥機都裝有自動控制系統，同時具有手動控制功能，但各廠家在自動控制方式上存在較大差異，用戶必須自己搞清楚。
所謂凍干機的自動控制應該包括兩部分，一是凍干機的設備根據凍干工藝要求在規定的時間自動停機，二是凍干機的溫度箱層根據凍干曲線。跟蹤，整個凍干過程不需要人工操作，當然必要時也可以進行人工干預。但有些凍干機的自動化控制不完善，只能自動跟蹤凍干曲線，其余需要人工操作。
一些凍干機的自動控制只能達到凍干結束。凍干后不能自動進行箱內壓塞、冷凝器除霜和蒸汽殺菌。需要手動操作，尤其是蒸汽殺菌部分，因為涉及到很多閥門控制，手動操作比較麻煩，應該選擇帶有自動消毒程序的凍干機。
部分冷凍干燥機的自動控制采用專用計算機，便于操作和編程。顯示語言為冷凍干燥專用語言。它還配有熒光屏、打印機和軟盤。可同時存儲幾十個凍結節目，每個節目內容都可以顯示，整個節目內容可以通過打印機打印出來。但凍干機的自動控制采用一種儀表，操作和編程比較麻煩，可存儲的凍干程序較少。
記錄儀也是冷凍室非常重要的儀器。它可以在真空中記錄整個冷凍干燥過程，以備將來儲存和檢查。大多數錄音儀器使用多點錄音機，不僅可以打分，還可以直接文本錄音和數字顯示系統。
